У игры бакуган, которую придумали люди и вексы, когда на них с неба посыпались карты, есть свои правила.
Бакуган — игра стратегическая и тактическая. У каждого игрока есть баку-под — специальный прибор, показывающий уровень силы игрока и противника (то есть G бакугана). Игроки могут использовать бакуганов разных стихий, но обычно они выбирают одну стихию, которая им наиболее подходит (так, у Клауса была обширная коллекция бакуганов всех стихий, и в битве с Элис они использовали бакуганов всех шести стихий).
Игра начинается с открытия поля игры (игроки вытаскивают карту ворот и произносят: «Открыть поле игры»), тогда игроки перемещаются в особое пространство, так называемое междумирье между Землей и Вестроей. Попасть на поле игры могут не только игроки, но и любые люди, игрокам просто надо взять человека за руку в момент перемещения.
Во время игры время в реальном мире, на Земле, останавливается незаметно для окружающих и «запускается» вновь после окончания боя.
Для начала боя игроки сбрасывают на поле «карты ворот». Каждый игрок может сбросить несколько карт, тем самым создавая различные комбинации. После на карты ворот игроками сбрасываются бакуганы. Попадая на карту ворот, каждый бакуган принимает свой истинный размер и силу. Два бакугана соперников, сброшенную на одну карту ворот, начинают поединок.
Силу бакугана определяет его уровень (джи - G), бакуган с большим количеством G выигрывает поединок. После окончания поединка бакуганы возвращаются к игрокам, а карта ворот, на которой происходил бой, исчезает. Проигравшие бакуганы больше не могут участвовать в схватке. С каждой стороны могут участвовать до 3-х бакуганов (существуют также поединки один на один).
Проигрывает тот игрок, у которого первого проиграли все бакуганы.
Существует много видов поединков: игроки один на один, двое на двое, трое на трое, двое на одного, поединок бакуганов один на один и т. д. Также можно активировать карты ворот, действие которых разнообразно («Тройная битва» позволяет сбросить на карту ворот еще одного бакугана и др.).
Кроме карт ворот игроки могут использовать карты способностей. Во время битвы каждый игрок может использовать только три карты способностей. Обычно карты способностей направлены на увеличение силы бакугана игрока или ослабление бакугана соперника.
Кроме того, у каждого бакугана есть свои индивидуальные способности, которые также активируются картами способностей. Игроки также могут использовать сочетания стихий, активируя их картами способностей, если на поле находятся несколько дружественных бакуганов.
Карты Смерти — карты, отправляющие бакуганов, проигравших битву, в Измерение Смерти (это своеобразная загробная жизнь для бакуганов). Карты Смерти активируется в самом начале игры, просто запускаясь в поле игры. В процессе игры Карты можно отозвать.
В Новой Вестрое правила игры в бакуган значительно изменились. Для игры каждому игроку необходим гантлет (более модифицированная версия баку-пода). Для начала игры в гантлет вставляется карта ворот и игроки говорят «гантлет, силовой удар». Ни на Вестрое, ни на Земле игроки уже не перемещаются в специальное пространство и остаются в том месте, где они начинают битву. Время во время игры на Вестрое не останавливается, хотя на Земле это правило по прежнему действует. Теперь для всех битв игроками по очереди сбрасывается только одна карта ворот. Игроки проходят по тем же правилам с исключением, что проигравшие бакуганы по прежнему могут участвовать в поединках. Теперь у каждого игрока есть определенное количество очков (шкала жизни), которое уменьшается от проигрыша в поединках. Окончательно проигрывает игрок, когда полностью теряет все очки. Количество уменьшения очков зависит, по видимому, от перевеса, с которым победил противник.
Возможно, битва между равными по силе противниками может продолжаться бесконечно долго. Принцип боя тот же: побеждает бакуган с большим количеством джи. Игроки также могут использовать карты способностей, но при этом они теперь не просто сбрасываются на поле, а для активации вставляются в гантлет.
В Новой Вестрое появляются новые виды бакуганов — бакуганы-ловушки и кибер бакуганы, которых можно сбрасывать во время битвы с противником не зависимо от того, участвует ли уже в битве бакуган игрока или нет. Если бакуган противника выигрывает с преимуществом в 500 джи, проигравший бакуган переходит к победителю.
В Gundalian Invaders правила игры в бакуган взяты из Новой Вестрои. Для начала игроки перемещаются в арену, о которой говорил Маручо. Потом у каждого игрока подсчитываются очки.Игра идёт по тем же правилам, что и у вексов, за исключением гантлета. Новинкой являются новый тип бакуганов-боевый механизмы.Они крепятся к бакуганам на игровом поле.На арене могут присутствовать люди.